Tahun 2005 berdiri program Diploma II Pendidikan Guru TK (DII PGTK) yang menjadi cikal bakal prodi PGPAUD. DII PGTK bernanung di bawah FIP Undiksha dan menerima mahasiswa yang sebagian besar adalah para guru TK namun jenjang pendidikannya masih berstatus hanya tamatan SMA. Untuk meningkatkan kualitas dan mutu pendidikan calon guru dan pendidik PAUD di Bali, khususnya, maka diajukan proposal pendirian jurusan PGPAUD yang akta pendiriannya disetujui tahun 2009. Jurusan PGPAUD mulai menerima mahasiswa jenjang S1 sejak tahun 2010 dan telah menamatkan lulusan sebanyak enam angkatan. Selain mencetak calon pendidik PAUD, jurusan PGPAUD juga terlibat meningkatkan kualitas pendidik PAUD melalui program-program, antara lain Program Percepatan PTK/PNF dan PPG